- وترجع الخلفية التاريخية لمعهد بحوث أمراض النباتات إلى عام 1919عندما انشئ فرع الفطريات بقسم التربية بوزارة الزراعة المصرية برئاسة أول مديرإنجليزي الجنسية هو السيد / برايتون جونز.
- في عام 1925 أصبح فرع الفطريات تابعا لقسم وقاية النباتات – ورأسه أول رئيس مصري هو أ.د/ توفيق فهمي - وقد انحصر عمل الفرع في حصر أمراض النباتات التي تصيب المحاصيل الرئيسية خاصة القطن .
- في عام 1930 بعد عودة المبعوثين في مجالات البحوث الزراعية من الخارج قسمت وزارة الزراعة إلى عدة أقسام بحثية .
- في عام 1938 عين أ.د/ توفيق فهمي - بالأمر الإداري رقم 579 – وكيلا لقسم بحوث الفطريات لأول مرة – وفي عام 1939 أصبح رئيسا لقسم بحوث أمراض النباتات بمصلحة وقاية المزروعات كما عين أ.د/ محمد منير بهجت- وكيلا لذات القسم .
- وتبعا لصدور القرار الجمهوري رقم 1160 لسنة 1957 والذي أنشئت بموجبه أقسام للبحوث في مختلف الوزارات والهيئات الحكومية – تم إنشاء المراقبة العامة لبحوث أمراض النباتات برئاسة الأستاذ / وهيب دوس – كما عين المهندس / عبد العزيز محي الدين - وكيلا لذات المراقبة والتي ضمت مع فرع الفطريات أفرع الفيروس والبكتيريا والمبيدات الفطرية .
- في عام 1971 صدر القرار الجمهوري رقم 2425 بإنشاء الهيئة العامة لمركز البحوث الزراعية حيث كان معهد بحوث أمراض النباتات و معهد بحوث وقاية النباتات كيان واحد .
- في عام 1973 اتخذ المعهد اسمه الحالي كمعهد بحوث أمراض النباتات وأصبح احد المعاهد الستة عشر التابعة للهيئة العامة للأبحاث الزراعية – التي تحولت فيما بعد إلى مركز البحوث الزراعية .
وقد تولى رئاسة المعهد منذ عام 1919 وحتى ألان تسعة عشر مديرا أولهم السيد / برايتون جونز الإنجليزي الجنسية – وبعده تولى الإدارة مدراء مصريين في حين تولي وكالة المعهد منذ إنشاءه حتى ألان 35 وكيلا كلهم من المصريين.
